Historie oboru pravěká a středověká archeologie sahá na Univerzitě Karlově do poloviny předminulého století.

• 1850 na tehdejší Karlo-Ferdinandově univerzitě BYL jmenován mimořádným profesorem pro českou archeologii a dějiny umění Jan Erazim Vocel (1802–1871). 
• 1891 Lubor Niederle (1865–1944)se habilitoval jako docent antropologie a prehistorické archeologie
• 1898 Lubor Niederle obdržel mimořádnou profesuru
• 1904 Lubor Niederle obdržel řádnou profesuru
• 1907 zřízení Archeologického semináře zaměřeného na klasickou archeologii a c. k. Archeologického kabinetu
• 1911/12 c. k. Archeologickýo kabinet přejmenován na c. k. Archeologický ústav
• 1909/10 předložení vůbec první rigorózní práce z archeologie v dějinách pražské univerzity (Jan Eisner 1885–1967)
• 1910/1911 rigorózní práci předložil Emanuel Šimek (1883–1963)
• 1919 byly tehdejším Ministerstvem školství a národní osvěty schváleny stanovy Československého archeologického semináře
• 1920  na České univerzitě Karlově zahájil Československý archeologický seminář svou činnost ve  v bývalém Kaulichově domě na Karlově náměstí
• 1926/27 Československý archeologický seminářpřesídlil do nové budovy Filozofické fakulty v Břehové ulici č. 5.
• 1929-1934 seminář vede prof. Albín Stocký (1876–1934)
• 1934-1940 seminář vede prof. Josef Schránil (1893–1940).
• 1935/36 zaniká univerzitní Archeologický ústav a na jeho místo nastoupily dva samostatné ústavy – Ústav archeologie klasické a Ústav archeologie prehistorické (jeho ředitelem byl až do roku 1940 prof. J. Schránil)        

• 

 

• v roce 1945 se spojil Prehistorický seminář a Ústavu prehistorické archeologie v jeden celek a vznikl Ústav a seminář pro pravěk a ranou dobu dějinnou, jehož ředitelem se stal žák prof. A. Stockého, prof. Jan Filip (1900–1981). Zároveň se v této době zcela nově konstituoval Ústav a seminář pro slovanskou archeologii pod vedením prof. Jana Eisnera (jako samostatný předmět přednášel slovanskou archeologii až do roku 1957, tedy i po zániku Ústavu pro slovanskou archeologii v akademickém roce 1949/50)
• 1949/50 byly oba ústavy sloučeny v Ústav pro pravěk a slovanskou archeologii (neboli Prehistorický ústav), v jeho čele zůstal prof. Jan Filip.
• na počátku padesátých let se v souvislosti s rozsáhlými reformami českého školství administrativně univerzitní archeologie ocitla ve svazku s etnografií v Katedře národopisu a pravěku jako oddělení prehistorie, stále se sídlem v Břehové ulici
• od r. 1952 sídlí oddělení prehistorie v Pařížské ulici 27 v budově Právnické fakulty
• v polovině padesátých let, a vlastně až do roku 1989, byla pravěká i slovanská archeologie začleněna do Katedry obecných dějin a pravěku (zprvu opět jako Ústav pro pravěk a slovanskou archeologii)
• 1958 byl ústav „přejmenován“ na oddělení prehistorie opět s podtitulem Prehistorický ústav
• 1961 byl ústav přestěhován do renovovaných univerzitních budov v Celetné ulici 20
• 1981-1989 vedl oddělení externě doc. Miroslav Richter (1932-2011)
• 1990 vznikla opět samostatná Katedra pravěku a rané doby dějinné
• 1993 byla katedra přeměněna na Ústav pro pravěk a ranou dobu dějinnou, vedoucím katedry a později ředitelem ústavu byl v letech 1990–1998 Filipův žák prof. Miroslav Buchvaldek (1930-2002)
• 1999- září 2002 působil jako ředitel ústavu Eisnerův žák prof. Jiří Sláma
• od října 2002 do září 2016 působil jako ředitel ústavu prof. Jan Klápště
• od října 2016 do září 2019 působil jako ředitel ústavu je doc. Miroslav Popelka
• v roce 2012 došlo ke změně názvu pracoviště na Ústav pro archeologii
• v říjnu 2019 se stal ředitelem ústavu doc. Tomáš Klír

Jako externí přednášející působili na ústavu po roce 1945 někteří přední čeští archeologové:

• doc. PhDr. Jaroslav Böhm (1901–1962) Archeologický ústav ČSAV Praha
• prof. PhDr. Jiří Neustupný (1905–1981) Národní muzeum Praha
• prof. PhDr. Bedřich Svoboda (1910–1975) Archeologický ústav ČSAV Praha
• PhDr. Rudolf Turek (1910–1991) Národní muzeum Praha.